Nacido en Chicago el 16 de mayo de 1943, de familia militar, Jon Jost creció en Georgia, Kansas, Japón, Italia, Alemania y Virginia. Expulsado de la universidad en 1962, empezó a hacer películas de 16 mm en enero de 1963, de forma autodidacta. Hasta el momento tiene más de 40 largometrajes, producido en varios soportes, así como más de 30 cortometrajes, todos los cuales concibió, escribió, fotografió, dirigió y editó; la mayoría de ellos también los produjo. Desde 1996 ha trabajado únicamente en vídeo digital (DV y HD), completando 24 obras de larga duración y muchos cortometrajes, así como una obra de instalación a gran escala en 7 pantallas, TRINITY, presentada en el ZKM, Karlsruhe, Alemania, en este medio a partir de 2007. Ha realizado otras instalaciones que nunca se han presentado públicamente.